為深入實施創新驅動發展戰略、落實科技體制改革部署，財政部、科技部聯合發布通知，規范中央引導地方科技發展專項資金管理，提高專項資金使用效益。根據此次印發的《中央引導地方科技發展專項資金管理辦法》，專項資金是指中央財政通過專項轉移支付安排的，用于支持地方政府圍繞國家科技發展戰略和地方經濟社會發展目標，改善地方科研基礎條件，優化科技創新環境，支持基層科技工作，促進科技成果轉移轉化，提升區域科技創新能力的資金，由財政部、科技部共同負責管理。
與2012年財政部發布的《中央補助地方科技基礎條件專項資金管理辦法》不同，新通知擴大了專項資金支持的范圍，不僅包括支持地方科研基礎條件和能力建設，還將地方專業性技術創新平臺、地方科技創新創業服務機構、地方科技創新項目示范納入支持范圍。
通知明確，支持地方科研基礎條件建設的資金一般采取直接補助的方式。支持地方專業性技術創新平臺、地方科技創新創業服務機構和地方科技創新項目示范的資金，鼓勵地方綜合采用直接補助、后補助、以獎代補、貸款貼息、發放創新券等多種投入方式。
在資金分配方面，通知明確，專項資金采取因素法分配，分配因素主要包括：體現地方科研綜合能力的因素，體現地方創新綜合能力的因素和績效考評因素。
兩部門強調，事業單位不得將專項資金用于支付各種罰款、捐款、贊助、投資、償還債務等支出，不得用于編制內在職人員工資性支出和離退休人員離退休費，以及國家規定禁止列支的其他支出。財政部、科技部將適時開展監督檢查。監督檢查、績效評價和監管報告所反映的情況是專項資金分配的重要參考。
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